1.堿性染料：電離后顯色離子帶正電荷，易與帶負電荷的被染物結(jié)合。由于細菌的等電點在pH2～5之間，在堿性、中性、弱酸性的環(huán)境中細菌均帶負電荷，易與帶正電荷的染料結(jié)合而著色。常用的染料有堿性復紅、結(jié)晶紫、美藍等。

2.酸性染料：電離后顯色離子帶負電荷，易與帶正電荷的被染物結(jié)合。一般情況下細菌都帶有負電荷故不易著色。如果降低菌液的pH使細菌帶正電荷，則可被染色。酸性染料通常用來染細胞漿，而很少用于細菌的染色。常用的酸性染料有伊紅、剛果紅等。

3.復合染料（中性染料）及熒光染料：復合染料是堿性染料和酸性染料的復合物，如瑞氏染料（伊紅美藍）、姬姆薩染料（伊紅天青）等；熒光染料如熒光標記的抗體，熒光素常用異硫氫基熒光素。這些染色常用于某些特殊的染色技術(shù)中。