根據(jù)職責，市衛(wèi)生局設6個職能科（室）。

　　（一）辦公室（掛“計劃財務科”牌子）

　　協(xié)助局領導組織綜合調研，協(xié)調、督促各科室的業(yè)務工作，制定并組織貫徹執(zhí)行局機關各項工作制度，負責全市衛(wèi)生事業(yè)有關重要文件的起草，醫(yī)|學教育網(wǎng)搜集整理綜合提出貫徹全省衛(wèi)生工作方針和我市衛(wèi)生政策，組織開展衛(wèi)生改革與發(fā)展宣傳工作，負責會議組織、文電處理、機要保密、行政事務、新聞和宣傳、檔案管理、信訪、資產房產和安全保衛(wèi)等后勤工作，負責漳州衛(wèi)生信息的編印和組織協(xié)調衛(wèi)生新聞報道。承辦本局計劃財務科日常工作任務。

　　（二）人事科

　　負責局機關及直屬衛(wèi)生單位的機構編制、人事勞動、干部培訓、人才交流、離退休服務等管理工作，負責全市衛(wèi)生專業(yè)技術人員中初級職稱的考試、資格認定及高級職稱的評審與推薦工作，負責直屬科級衛(wèi)生單位的領導班子和后備干部隊伍建設，承辦援外醫(yī)療和對外勞務合作，做好直屬衛(wèi)生單位因公出國人員的管理工作；研究擬定醫(yī)學教育發(fā)展規(guī)劃，指導中專醫(yī)學教育及負責全市成人醫(yī)學教育管理工作。

　　（三）醫(yī)政科（掛“中醫(yī)科”牌子）

　　研究指導全市醫(yī)療機構改革，擬定全市醫(yī)療機構發(fā)展規(guī)劃，組織實施監(jiān)督管理醫(yī)療機構管理法規(guī)、政策、標準、規(guī)范及醫(yī)務人員執(zhí)業(yè)標準細則、服務規(guī)范；監(jiān)督醫(yī)療機構的醫(yī)療質量和服務質量，依法監(jiān)督管理血站的采供血及臨床用血質量；受理醫(yī)療事故的鑒定申請和處理；協(xié)助各級人民政府和有關部門對重大人員傷亡事故組織緊急救護；研究擬定本市重點醫(yī)學科技發(fā)展規(guī)劃；推進中醫(yī)藥的繼承與創(chuàng)新；醫(yī)|學教育網(wǎng)搜集整理協(xié)調和指導中醫(yī)藥科研攻關和科技成果的普及應用；規(guī)劃指導中醫(yī)藥人才的培養(yǎng)。

　　（四）疾病控制科

　　擬定本市傳染病、地方病、慢性非傳染疾病及與公共衛(wèi)生相關疾病的防治規(guī)劃和措施，并監(jiān)督實施；組織對重大傳染病、地方病的綜合防治；組織調度全市的衛(wèi)生技術力量，對重大突發(fā)疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發(fā)生和蔓延。

　　（五）基層衛(wèi)生與婦幼保健科

　　研究擬定全市農村衛(wèi)生、社區(qū)衛(wèi)生服務的發(fā)展規(guī)劃和服務標準，并實施監(jiān)督管理；制訂婦幼衛(wèi)生和提高出生人口素質工作的發(fā)展規(guī)劃、政策措施和技術標準，指導并監(jiān)督我市初級衛(wèi)生保健條例和母嬰保健專項技術的實施；會同有關部門制訂計劃生育衛(wèi)生標準；負責婦幼保健技術服務質量監(jiān)督和管理；研究城市基層衛(wèi)生服務體系的改革，統(tǒng)籌協(xié)調健康教育工作。

　　（六）衛(wèi)生法制與監(jiān)督科

　　負責衛(wèi)生行政復議和衛(wèi)生執(zhí)法的監(jiān)督。依法對全市公共衛(wèi)生、勞動衛(wèi)生、食品衛(wèi)生、學校衛(wèi)生、放射衛(wèi)生及化學保健品、預防用生物制品、消毒器械等行使監(jiān)督權，負責管理協(xié)調全市衛(wèi)生監(jiān)督執(zhí)法隊伍開展執(zhí)法工作。依照技術監(jiān)督的法律、法規(guī)制訂全市醫(yī)療衛(wèi)生機構計量監(jiān)督管理辦法，醫(yī)|學教育網(wǎng)搜集整理配合市技術監(jiān)督局對全市醫(yī)療機構的計量達標和計量認證的審核等工作。

　　機關黨委。負責機關及下屬單位的黨群工作。

　　根據(jù)有關規(guī)定派駐的紀檢組與監(jiān)察室合署辦公，按照《黨章》和《行政監(jiān)察法》履行職責。