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多肽鏈的氨基酸組成往往是比較復(fù)雜,因此直接分析多肽的氨基酸順序還是很困難的,多采用將多肽鏈進一步降解成為更小的片段,然后再行分析。肽鍵的裂解是一級結(jié)構(gòu)研究工作中的重要問題,它要求裂解點少,選擇性強,而且反應(yīng)產(chǎn)率高,目前主要有化學(xué)法和酶解法兩類。
1、化學(xué)法
(1)溴化氰法是最理想的化學(xué)方法,能選擇性斷裂甲硫氨酸所在的肽鍵
溴化氫化學(xué)降解法其優(yōu)點:
①一般蛋白質(zhì)含甲硫氨酸較少,由此可獲得大片段
②專一性強
③產(chǎn)率高達80%以上
④作用條件溫和,在室溫中用幾到十幾小時即可。
(2)部分酸水解法
Sanger在分析胰島素的一級結(jié)構(gòu)中采用了此法,即用0.1N鹽酸在110℃或用6N鹽酸在37℃水解。這種部分酸水解的方法特異性不強,因此對大片段的蛋白質(zhì)和肽均不合適。
(3)羥胺法
這種方法近十年來開始受人注意,羥胺能專一性地裂解AsnGly的肽鍵,酸性條件下裂解Asn-Pro肽鍵。已用于某些蛋白質(zhì)的分析。
(4)N-溴代琥珀酰亞胺法
主要裂解Try處的肽鍵,五十年代研究較多。但由于它也能斷裂TyrHis肽鍵,因此應(yīng)用不廣。
2、酶解法
酶水解法較化學(xué)法具有更多的優(yōu)越性,使用也更廣泛。因其具有較高專一性,而且水解產(chǎn)率較高,所以可以選擇各種不同專一性的酶進行專一性的斷裂。
常用的酶有胰蛋白酶、糜蛋白酶、胃蛋白酶和嗜熱菌蛋白酶。
胰蛋白酶專一斷裂Lys,Arg的羧基側(cè)肽鍵,如果對Lys,Arg,CysH進行化學(xué)修飾可改變胰蛋白酶的斷裂性質(zhì)。
(1)賴氨酸的修飾。將Lys用順丁烯二酸酐或甲基順丁烯二酸桿修飾,則胰蛋白酶僅使Arg肽鍵斷裂。
順丁烯衍生物在中性pH下穩(wěn)定,胰蛋白酶水解僅使Arg鍵斷裂。在酸性條件下順丁烯衍生物可脫去封閉,此時再行胰蛋白酶水解,則得賴氨酸為末端的多肽。下述為蛋白質(zhì)中的賴氨酸,經(jīng)順丁烯;饔煤,被胰蛋白酶水解的例子。
(2)精氨酸的修飾。精氨酸與1,2-和1,3-二羰化合物作用,縮合產(chǎn)物是一雜環(huán)化合物,十分穩(wěn)定。然后胰酶水解僅斷裂賴氨酸殘基末端的肽鍵
(3)半胱氨酸的修飾。若肽鏈內(nèi)Lys、Arg均較少,則為了增加胰酶的裂解點,可以將半胱氨酸進行氨乙基化,其產(chǎn)物氨乙基半胱氨酸有類似Lys的結(jié)構(gòu),胰蛋白酶在水解時,不能識別這微細的變化,從而在半胱氨酸處斷裂。