細菌的分類等級（分類單位）和其他生物相同，為界、門、綱、目、科、屬、種。臨床細菌檢驗常用的分類單位是科、屬、種。種是細菌分類的基本單位。形態(tài)學(xué)和生理學(xué)性狀相同的細菌群體構(gòu)成一個菌種；性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成屬；相近的屬歸為科，依次類推。在兩個相鄰等級之間可添加次要的分類單位，如亞門、亞綱、亞屬、亞種等醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

　　同一菌種不同來源的細菌稱該菌的不同菌株。它們的性狀可以完全相同，也可以有某些差異。具有該種細菌典型特征的菌株稱為該菌的標準菌株，在細菌的分類、鑒定和命名時都以標準菌株為依據(jù)，標準菌株也可作為質(zhì)量控制的標準。