細(xì)菌分類系統(tǒng)有多種，為了便于文獻(xiàn)資料的相互比較、分析和交流，目前國際上普遍采用伯杰分類系統(tǒng)。也有采用CDC（美國疾病預(yù)防和控制中心）分類系統(tǒng)。包括有細(xì)菌的鑒定以及細(xì)菌分類資料。目前以細(xì)菌細(xì)胞壁的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)作最高一級分類依據(jù)，將原核生物界分為4個(gè)菌門；薄壁菌門、堅(jiān)壁菌門、軟壁菌門和疵壁菌門醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。