用兩種或兩種以上的染料染色的方法，稱為復染色法或鑒別染色法。常用的有革蘭染色法和抗酸染色法。

　?。?）革蘭染色：本法是細菌學中最經(jīng)典、最常用的染色方法。除糞便、血液等極少數(shù)標本外，絕大多數(shù)標本在分離培養(yǎng)之前都要進行革蘭染色、鏡檢。通過革蘭染色將所有細菌分為G⁺菌和G^-菌兩大類，可初步識別細菌，縮小范圍，有助于進一步鑒定。甚至有時結(jié)合細菌特殊形態(tài)結(jié)構(gòu)及排列方式，對病原菌可進行初步鑒定，如腦脊髓膜炎患者，取其腦脊液涂片、革蘭染色、鏡檢，如檢到革蘭陰性、腎形、凹面相對的雙球菌，位于細胞內(nèi)或細胞外，可報告“找到革蘭陰性雙球菌，形似腦膜炎奈瑟菌”；如檢到革蘭陽性、菌體周圍有明顯莢膜的雙球菌，可報告“找到革蘭陽性雙球菌，形似肺炎鏈球菌”。其結(jié)果為臨床早期診斷及治療提供了依據(jù)醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理。

　　革蘭染色除用以鑒定細菌外，病原菌革蘭染色特性可為臨床選擇用藥提供參考，幫助臨床制訂有針對性的治療方案。因為G⁺菌與G^-菌對一些抗生素表現(xiàn)出不同的敏感性，且其致病物質(zhì)（前者產(chǎn)生外毒素而后者多產(chǎn)生內(nèi)毒素）及其作用機理不同。

　　（2）抗酸染色：抗酸染色也可將細菌分為兩大類：即抗酸性細菌和非抗酸性細菌。因為臨床上絕大多數(shù)病原菌為非抗酸性細菌，所以抗酸染色不作為臨床上常規(guī)的細菌檢查項目，只針對性用于結(jié)核病、麻風病等的細菌檢查。疑似結(jié)核分枝桿菌感染的標本，經(jīng)抗酸染色后以油鏡檢查，即可作出初步鑒定。將有肺結(jié)核癥狀病人的痰標本，制成涂片后，作萋-納染色鏡檢，根據(jù)所見結(jié)果即可報告“找到（未找到）抗酸菌”。再如有腎感染癥狀的病人，取其尿標本，經(jīng)離心沉淀后作涂片，行萋-納及潘本漢抗酸染色，如兩張涂片均查見紅色抗酸桿菌，可報告為“找到抗酸分枝桿菌”。對臨床疾病的診斷和治療具有重要參考價值。