直接鏡檢或抗原檢測(cè)呼吸道分泌物中檢測(cè)出非典型病原可直接、迅速確診，但敏感性低。支原體不能用革蘭染色鑒別，直接免疫熒光、酶聯(lián)免疫吸附法（ELISA）等檢測(cè)抗原缺乏敏感性；衣原體檢測(cè)也缺乏特異方法。直接免疫熒光法檢測(cè)呼吸道、胸水等標(biāo)本，軍團(tuán)菌檢測(cè)敏感性達(dá)70%.軍團(tuán)菌有一種熱穩(wěn)定及有抗胰蛋白酶活性抗原，其血清濃度低，濃縮尿液濃度可提高30～100倍，易被檢出。該法特異性100%，敏感性90%，常用的有放射免疫法（RIA）、免疫層析法（ICT）、直接熒光抗體法（DFA）等，3h內(nèi)可獲得軍團(tuán)菌尿抗原檢測(cè)結(jié)果。發(fā)病后3天即可陽性，可持續(xù)2個(gè)月，甚至超過半年。軍團(tuán)菌抗原出現(xiàn)早（早于IgM），可避免早期特異性治療影響抗體形成、免疫低下使免疫球蛋白水平達(dá)不到診斷標(biāo)準(zhǔn)等造成血清學(xué)假陰性，有助于早期診斷，但不能區(qū)分新發(fā)和既往感染，可結(jié)合血清IgM判斷。軍團(tuán)菌尿抗原檢測(cè)僅對(duì)軍團(tuán)菌1型（約占軍團(tuán)菌的70%）有效。

　　病原培養(yǎng)

　　非典型病原體的培養(yǎng)均較為困難，肺炎支原體在不良環(huán)境中非常脆弱，需及時(shí)送檢并接種于專用細(xì)胞培養(yǎng)基。其生長緩慢，陽性結(jié)果需4～20天，陰性報(bào)告則需6周，培養(yǎng)陽性時(shí)仍需結(jié)合臨床表現(xiàn)確診。

　　肺炎衣原體培養(yǎng)需選擇特定細(xì)胞株，并通過微量免疫熒光（MIF）確認(rèn)，3～7天可有結(jié)果。在排除支原體污染等后，分離培養(yǎng)陽性可確診衣原體感染。

　　軍團(tuán)菌培養(yǎng)通常需1周，陽性結(jié)果有確診價(jià)值。軍團(tuán)菌對(duì)生長條件有特殊要求，生長時(shí)需L-半胱氨酸和鐵鹽，從有機(jī)化合物中攝取營養(yǎng)，可利用氨基酸作為能量和碳源。目前公認(rèn)陽性率高的培養(yǎng)基仍是活性碳酵母浸膏（BCYE）瓊脂培養(yǎng)基。近年來由于更簡(jiǎn)便的檢測(cè)方法及非標(biāo)準(zhǔn)改良培養(yǎng)基的廣泛應(yīng)用使培養(yǎng)陽性率下降醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

　　血清學(xué)檢查

　　血清學(xué)檢測(cè)靈敏性、特異性均較好，但對(duì)部分早期患者或免疫力低下患者，敏感性較差。

　　支原體IgM抗體陽性是急性感染標(biāo)志，但再次感染IgM可陰性；IgG在1個(gè)月后達(dá)峰值，持續(xù)數(shù)年，可用于流行病學(xué)調(diào)查。

　　血清學(xué)檢查是診斷衣原體感染的主要手段。微量免疫熒光法可鑒別IgM和IgG，并區(qū)分急性和既往感染。初次感染者IgM在發(fā)病后1周出現(xiàn)，可持續(xù)6個(gè)月；而IgG則在感染后6～8周出現(xiàn)。再次感染后一般無IgM，而IgG滴度可在1周內(nèi)升至1:512.類風(fēng)濕因子陽性者可出現(xiàn)假陽性。診斷標(biāo)準(zhǔn)為雙份血清抗體滴度呈4倍或以上增高；或IgM≥1:32，IgG≥1:512為急性感染，1:16≤IgG＜1:512為既往感染。ELISA檢測(cè)血清抗體特異性和敏感性也很高，在排除類風(fēng)濕因子影響后診斷價(jià)值很高。

　　軍團(tuán)菌感染后1周開始出現(xiàn)IgM抗體，2周后出現(xiàn)IgG抗體。間接免疫熒光法（IFA）檢查雙份血清抗體滴度呈4倍或以上增高、或≥1:128為急性感染。抗體高效價(jià)出現(xiàn)需要一定時(shí)間，發(fā)病1周后約有1/4的患者結(jié)果陽性；銅綠假單胞菌、結(jié)核菌等可出現(xiàn)假陽性，但效價(jià)不高。

　　特異性核酸檢測(cè)

　　PCR可檢測(cè)痰液、胸水、組織等標(biāo)本，靈敏度和特異性很高。其關(guān)鍵是選擇特異引物，缺點(diǎn)是容易污染、存在假陽性和假陰性可能、操作過程尚需標(biāo)準(zhǔn)化和規(guī)范化。