細(xì)菌染色標(biāo)本在普通光學(xué)顯微鏡下可以觀察細(xì)菌的形態(tài)、大小、排列、染色性、特殊結(jié)構(gòu)（芽胞、莢膜、鞭毛）、異染顆粒等。

　　因?yàn)樵诮咏行缘沫h(huán)境中細(xì)菌都帶有負(fù)電荷，易與帶正電荷的堿性染料結(jié)合，故常用堿性苯胺染料如美藍(lán)、結(jié)晶紫、堿性復(fù)紅等染色細(xì)菌。

　　（一）常用染料

　　1.堿性染料：電離后顯色離子帶正電荷，易與帶負(fù)電荷的被染物結(jié)合。由于細(xì)菌的等電點(diǎn)在pH2～5之間，在堿性、中性、弱酸性的環(huán)境中細(xì)菌均帶負(fù)電荷，易與帶正電荷的染料結(jié)合而著色。常用的染料有堿性復(fù)紅、結(jié)晶紫、美藍(lán)等。

　　2.酸性染料：電離后顯色離子帶負(fù)電荷，易與帶正電荷的被染物結(jié)合。一般情況下細(xì)菌都帶有負(fù)電荷故不易著色。如果降低菌液的pH使細(xì)菌帶正電荷，則可被染色。酸性染料通常用來染細(xì)胞漿，而很少用于細(xì)菌的染色。常用的酸性染料有伊紅、剛果紅等。

　　3.復(fù)合染料（中性染料）及熒光染料：復(fù)合染料是堿性染料和酸性染料的復(fù)合物，如瑞氏染料（伊紅美藍(lán)）、姬姆薩染料（伊紅天青）等；熒光染料如熒光標(biāo)記的抗體，熒光素常用異硫氫基熒光素。這些染色常用于某些特殊的染色技術(shù)中。

　　（二）常用的染色方法

　　細(xì)菌染色的基本程序：涂片（干燥）→固定→染色（初染→媒染→脫色→復(fù)染）。

　　1.單染色法：用一種染料將細(xì)菌和周圍物體染成同一種顏色。細(xì)菌經(jīng)單染色法處理后，可觀察其形態(tài)、排列、大小及簡單的結(jié)構(gòu)，但不能顯示各種細(xì)菌染色性的差異。

　　2.復(fù)染色法：用兩種或兩種以上的染料染色的方法，稱為復(fù)染色法或鑒別染醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)整理色法。常用的有革蘭染色法和抗酸染色法。

　?。?）革蘭染色：本法是細(xì)菌學(xué)中最經(jīng)典、最常用的染色方法。除糞便、血液等極少數(shù)標(biāo)本外，絕大多數(shù)標(biāo)本在分離培養(yǎng)之前都要進(jìn)行革蘭染色、鏡檢。

　　意義：①鑒別細(xì)菌：通過革蘭染色將所有細(xì)菌分為G⁺菌和G^-菌兩大類，可初步識別細(xì)菌，縮小范圍，有助于進(jìn)一步鑒定。甚至有時(shí)結(jié)合細(xì)菌特殊形態(tài)結(jié)構(gòu)及排列方式，對病原菌可進(jìn)行初步鑒定。②選擇藥物參考：G⁺菌與G^-菌對一些抗生素表現(xiàn)出不同的敏感性。③與致病性有關(guān)： 大多G⁺菌的致病物質(zhì)是外毒素，而G^-菌大多能產(chǎn)生內(nèi)毒素，兩種致病作用不同。

　?。?）抗酸染色：抗酸染色也可將細(xì)菌分為兩大類：即抗酸性細(xì)菌和非抗酸性細(xì)菌。因?yàn)榕R床上絕大多數(shù)病原菌為非抗酸性細(xì)菌，所以抗酸染色不作為臨床上常規(guī)的細(xì)菌檢查項(xiàng)目，只針對性用于結(jié)核病、麻風(fēng)病等的細(xì)菌檢查。疑似結(jié)核分枝桿菌感染的標(biāo)本，經(jīng)抗酸染色后以油鏡檢查，即可作出初步鑒定。若查見紅色抗酸桿菌，可報(bào)告為“找到抗酸分枝桿菌”。對臨床疾病的診斷和治療具有重要參考價(jià)值。

　　3.熒光染色：熒光染色法敏感性強(qiáng)，效率高而且容易觀察結(jié)果醫(yī)，學(xué)教，育網(wǎng)整理，在臨床細(xì)菌鑒定中有很大的實(shí)用價(jià)值。主要用于結(jié)核分枝桿菌、麻風(fēng)分枝桿菌、白喉棒狀桿菌及痢疾志賀菌等的檢測。如痰標(biāo)本涂片、固定，用熒光染料金胺O法（也稱金胺O-羅丹明B法）染色，以熒光顯微鏡檢查，在暗背景中可觀察到呈金黃色熒光的菌球。

　　除以上所述染色方法外，用于細(xì)菌鑒定的還有鞭毛染色、異染顆粒染色等。