醫(yī)學(xué)會議中心

會議日期	2020-12-10至 2020-12-13
會議地點	江蘇南京
會議學(xué)科	基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)微生物
主辦單位	中科成創(chuàng)（北京）生物技術(shù)有限公司
學(xué)分情況	無

微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班

各有關(guān)單位:

微生物作為地球環(huán)境中的一大類生物群體，每種微生物都有其獨特的功能。微生物學(xué)（microbiology）作為生物學(xué)的分支學(xué)科之一，在許多學(xué)科領(lǐng)域都發(fā)揮著舉足輕重的作用。作為國內(nèi)最大的綜合性微生物學(xué)研究機構(gòu)，為推動我國微生物學(xué)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，更好地與微生物研究領(lǐng)域的專家學(xué)者們分享、交流在微生物研究領(lǐng)域中的心得、經(jīng)驗。應(yīng)廣大行業(yè)工作者的要求，由中科成創(chuàng)（北京）生物技術(shù)有限公司舉辦“生物信息學(xué)最新技術(shù)-微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班。培訓(xùn)班采用理論和演示相結(jié)合的教學(xué)形式，使學(xué)員在短時間內(nèi)對微生物研究中涉及的知識和方法得到進一步地提高，同時學(xué)員與授課專家進行現(xiàn)場交流與咨詢，探討學(xué)員在平時工作、研究中的瓶頸問題。與同行交流以拓寬自己的研究思路，共同探討和挖掘微生物資源的科學(xué)研究價值和應(yīng)用前景。具體事宜通知如下：

 

一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點：

本培訓(xùn)以微生物宏基因組學(xué)技術(shù)的應(yīng)用與數(shù)據(jù)分析為主題，精心設(shè)計了具有前沿性、實用性和針對性強的理論課程和上機課程。培訓(xùn)邀請的主講人均是有理論和實際研究經(jīng)驗的人員。學(xué)員通過與專家直接交流，能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機構(gòu)的研究經(jīng)驗和實驗設(shè)計思路。學(xué)員通過集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴展思路，在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。

 

二、授課專家：

主講專家來自中科院科研機構(gòu)的高級專家，擁有豐富的科研工作經(jīng)驗，長期從事生物信息學(xué)方面的項目研究，發(fā)表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等雜志40多篇。具有資深的技術(shù)底蘊和專業(yè)背景，目前承擔(dān)國家科技部、國家自然基金委和市科技新星項目等多項課題。

 

三、培訓(xùn)對象：

大中專院校生物信息、生物計算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

 

四、時間地點：        2020年12月10日——12月13日   江蘇  南京

                                  （時間安排：第1天報到，授課3天）

五、培訓(xùn)內(nèi)容：

（12月11日  上午）

微生物基因組

微生物基因組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

1.1、微生物基因組研究的意義

1.2、微生物基因組研究概況

1.3、微生物基因組的特點

1.4、微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

 

（12月11日 下午）

 R語言繪圖

1.1  R語言基本介紹

1.2  R語言基本運算、向量函數(shù)

1.3 R語言數(shù)據(jù)讀入以及導(dǎo)出

ggplot2基本繪圖 （條形圖、散點圖、折線圖等）

 

（12月12日 上午）

 宏基因組學(xué) 

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 測序平臺、引物設(shè)計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細菌、真菌不同微生物實驗設(shè)計

1.2. 測序量及采樣建議

針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程圖

數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析

1.4. 結(jié)果解析

1.4.1 OTU聚類

1.4.2 物種注釋

1.4.3 物種分布情況

1.4.4 樣品復(fù)雜度分析：α多樣性

Coverage   Chao指數(shù)   ACE指數(shù)

Shannon曲線

Richness rarefaction曲線

1.4.5 多樣品比較分析：β多樣性

樣品間物種豐度熱圖

排序分析：

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

樣品聚類分析

2. DSS （direct shotgun sequencing）法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注釋分析

2.3. 代謝途徑解析

 

（12月12日  下午）

 微生物基因組及宏轉(zhuǎn)錄組常用軟件介紹

2.1 微生物基因組在線圈圖分析

2.2 代謝通路分析（KEGG & KAAS）

2.3 病原菌耐藥基因鑒定（CARD & Resfinder）

2.4 細菌基因組島鑒定 （Islandviewer）

2.5 CAZy 碳水化合物活性酶注釋（宏轉(zhuǎn)錄組）

2.6 基因差異表達分析（宏轉(zhuǎn)錄組）

2.7 基因聚類分析（宏轉(zhuǎn)錄組）

 

（12月13日  上午）

 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)

 1 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)介紹

2 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義

3 宏轉(zhuǎn)錄組研究方法

4 宏轉(zhuǎn)錄組研究內(nèi)容

5 宏基因組與宏轉(zhuǎn)錄組的差別

 

（12月13日  下午）

 16S測序數(shù)據(jù)分析及宏基因組學(xué)軟件介紹

 1. 筆記本電腦配置要求建議筆記本內(nèi)存4G以上，64位操作系統(tǒng)

2. 針對16S rDNA amplicon sequencing分析

2.1. 虛擬機安裝：Virtual Box

2.2. 16S分析運行環(huán)境搭建：QIIME Virtual Machine

 

2.3. 實例演示及結(jié)果展示

數(shù)據(jù)預(yù)處理

OTU 聚類

物種注釋

OTU table生成

α多樣性分析

序列比對

構(gòu)建進化樹

β多樣性分析

 

3. 針對shotgun sequencing分析（只做流程演示講解）

3.1. 序列質(zhì)量控制：fastqc

3.2. 序列拼接

3.3. 基因預(yù)測及豐度分析

3.4. 物種注釋

3.4. 功能注釋

3.5. MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等軟件介紹

 

（*實際授課還會增加一些學(xué)員報名時反饋的感興趣內(nèi)容，希望參會人員可以把自己想了解的內(nèi)容，報名時一起填寫在回執(zhí)表上。大家在上課期間有什么問題，都可以隨時提出，如果有針對性問題可在 課間、課下和老師進行交流；）

 

 

六、報名辦法及費用： 

每人￥3980元（含報名費、培訓(xùn)費、資料費、上機費）

團隊報名：4+1優(yōu)惠。（5位其中1位免除費用）

食宿可統(tǒng)一安排，費用自理。各單位人員報名參加，報名回執(zhí)表請回傳至?xí)��?wù)處即可。

如單位有內(nèi)訓(xùn)需求，請將內(nèi)訓(xùn)方案傳至?xí)��?wù)組，根據(jù)單位需求安排相應(yīng)專家進行授課

 

七、聯(lián)系方式：   

聯(lián)系人:張琦  17744569660

報名郵箱：760459081@qq.com