（1）分離混合物 在中藥提取物的有效部位中，往往含有結(jié)構(gòu)相似、理化性質(zhì)相似的幾種成分的混合物，用一般的化學(xué)方法很難分離，可用色譜法將它們分開。

（2）精制化合物 在提取、分離得到有效成分時(shí)，往往含有少量結(jié)構(gòu)類似的雜質(zhì)，不易除去，也可利用色譜法除去雜質(zhì)得到純品。

（3）鑒定化合物 在一定條件下，純粹的化合物在薄層色譜或紙色譜中都有一定的Rf值，在氣相色譜和高效液相色譜中有一定的保留時(shí)間，所以利用色譜法可以鑒定化合物的純度或利用標(biāo)準(zhǔn)品的對照來初步確定兩種性質(zhì)相似的化合物是否為同一物質(zhì)。

由于中藥有效成分類型不同，性質(zhì)各異，所以選擇色譜條件是不同的。

一般生物堿的分離可用硅膠或氧化鋁柱色譜，對于極性較高的生物堿可用分配色譜，而對季銨型水溶性生物堿也可用分配色譜或離子交換色譜。

苷類的色譜分離往往決定于苷元的性質(zhì)，如皂苷、強(qiáng)心苷，一般可用分配色譜或硅膠吸附色譜。

揮發(fā)油、甾體、萜類包括萜類內(nèi)酯，往往首選氧化鋁及硅膠色譜。

黃酮類化合物、鞣質(zhì)等多元酚衍生物可用聚酰胺吸附色譜。

有機(jī)酸、氨基酸一般可選用離子交換色譜，有時(shí)也用分配色譜。有些氨基酸也可用活性炭吸附色譜。

對于大分子化合物，如多肽、蛋白質(zhì)、多糖，常用凝膠色譜。

總的來說，對非極性成分往往考慮用氧化鋁或硅膠吸附色譜；若極性較大則采用分配色譜或弱吸附劑吸附色譜；對酸性、堿性、兩性成分可采用離子交換色譜，有時(shí)也可用吸附色譜及分配色譜等。