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隱蔽抗原指體內某些與免疫系統(tǒng)在解剖位置上處于隔絕部位的抗原成分。按Burnet學說，由于這些抗原在胚胎期未曾與免疫系統(tǒng)發(fā)生過接觸，故體內能與這些抗原起反應的免疫活性細胞未消失。在手術、外體或感染等性況下，隱蔽抗原釋入血流或淋巴道與免疫系統(tǒng)接觸，從而發(fā)生自身免疫。精子、眼晶狀體、神經(jīng)髓鞘磷脂堿性蛋白、某些器官、細胞（如甲狀腺、胃壁細胞等）特異的微粒體抗原屬此類型。實驗證明，將眼晶狀體或精子抗原注入動物自身體內，可誘發(fā)自身抗體。人體輸精管結扎可形成抗自身精子的抗體以及眼球損傷后則可發(fā)生交感性眼炎。