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蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)(secondarystructure)是指多肽鏈中主鏈原子的局部空間排布即構(gòu)象,不涉及側(cè)鏈部分的構(gòu)象。
1.肽鍵平面(或稱(chēng)酰胺平面,amide plane)。
Pauling等人對(duì)一些簡(jiǎn)單的肽及氨基酸的酰胺等進(jìn)行了X線衍射分析,得出圖1所示結(jié)構(gòu),從一個(gè)肽鍵的周?chē)鷣?lái)看,得知:
圖1肽鍵平面示意圖
(1) 中的C-N鍵長(zhǎng)0.132nm,比相鄰的N-C單鍵(0.147nm)短,而較一般C=N雙鍵(0.128nm)長(zhǎng),可見(jiàn),肽鍵中-C-N-鍵的性質(zhì)介于單、雙鍵之間,具有部分雙鍵的性質(zhì),因而不能旋轉(zhuǎn),這就將固定在一個(gè)平面之內(nèi)。
(2) 肽鍵的C及N周?chē)齻(gè)鍵角之和均為360°,說(shuō)明都處于一個(gè)平面上,也就是說(shuō)
六個(gè)原子基本上同處于一個(gè)平面,這就是肽鍵平面。肽鏈中能夠旋轉(zhuǎn)的只有α碳原子所形成的單鍵,此單鍵的旋轉(zhuǎn)決定兩個(gè)肽鍵平面的位置關(guān)系,于是肽鍵平面成為肽鏈盤(pán)曲折疊的基本單位。
(3) 肽鍵中的C-N既具有雙鍵性質(zhì),就會(huì)有順?lè)床煌牧Ⅲw異構(gòu),已證實(shí)處于反位(見(jiàn)圖2)。
圖2 反式肽單元和順式肽單元