艱難梭菌之所以能夠致病，是因?yàn)樗哂?種毒力因子：毒素A、毒素B和一種能夠抑制腸道蠕動的物質(zhì)。毒素A有腸毒性，毒素B有細(xì)胞毒性。毒素A也有一定的細(xì)胞毒性作用，但比毒素B小。毒素A和B是艱難梭菌的主要致病因子，可干擾腸道上皮細(xì)胞的肌動蛋白骨架，使細(xì)胞喪失功能。

艱難梭菌廣泛分布于自然生境中，如土壤、干草、沙、一些大型動物（牛、驢和馬）的糞便，及狗、貓、嚙齒動物和人的糞便。嬰兒的糞便中常含有艱難梭菌，大約50％12月齡嬰兒的腸道中有艱難梭菌，2歲以上兒童的帶菌率大約為3％，但此菌在健康成人中出現(xiàn)頻率較低，無癥狀帶菌的成人在瑞典是1.9％，在日本為15.4％。