質譜中出現(xiàn)的離子有分子離子、同位素離子、碎片離子、重排離子、多電荷離子、亞穩(wěn)離子、負離子和離子－分子相互作用產(chǎn)生的離子。綜合分析這些離子，可以獲得化合物的分子量、化學結構、裂解規(guī)律和由單分子分解形成的某些離子間存在的某種相互關系等信息。

質譜法特別是它與色譜儀及計算機聯(lián)用的方法，已廣泛應用在有機化學、生化、藥物代謝、臨床、毒物學、農(nóng)藥測定、環(huán)境保護、石油化學、地球化學、食品化學、植物化學、宇宙化學和國防化學等領域。近年的儀器都具有單離子和多離子檢測的功能，提高了靈敏度及專一性，靈敏度可提高到10克水平。用質譜計作多離子檢測，可用于定性分析，例如，在藥理生物學研究中能以藥物及其代謝產(chǎn)物在氣相色譜圖上的保留時間和相應質量碎片圖為基礎，確定藥物和代謝產(chǎn)物的存在；也可用于定量分析，用被檢化合物的穩(wěn)定性同位素異構物作為內(nèi)標，以取得更準確的結果。

在無機化學和核化學方面，許多揮發(fā)性低的物質可采用高頻火花源由質譜法測定。該電離方式需要一根純樣品電極。如果待測樣品呈粉末狀，可和鎳粉混合壓成電極。此法對合金、礦物、醫(yī)|學教育網(wǎng)搜集整理原子能和半導體等工藝中高純物質的分析尤其有價值，有可能檢測出含量為億分之一的雜質。

利用存在壽命較長的放射性同位素的衰變來確定物體存在的時間，在考古學和地理學上極有意義。例如，某種放射性礦物中有放射性鈾及其衰變產(chǎn)物鉛的存在，鈾238和鈾235的衰變速率是已知的，則由質譜測出鈾和由于衰變產(chǎn)生的鉛的同位素相對豐度，就可估計該軸礦物生成的年代。

近年來質譜技術發(fā)展很快。隨著質譜技術的發(fā)展，質譜技術的應用領域也越來越廣。由于質譜分析具有靈敏度高，樣品用量少，分析速度快，分離和鑒定同時進行等優(yōu)點，因此，質譜技術廣泛的應用于化學，化工，環(huán)境，能源，醫(yī)藥，運動醫(yī)學，刑偵科學，生命科學，材料科學等各個領域。