植物染色體主要分為3類：(1)M：中部著絲粒染色體；(2)T：端部著絲粒染色體；(3)t：近端部著絲粒染色體。盡管石蒜屬的染色體數(shù)目與核型變異很大，但若折合成染色體臂數(shù)，則均為11的倍數(shù)。

目前關于石蒜屬的核型演化趨勢主要存在著互為矛盾的兩個理論：一是融合理論(Fusion Theory)，認為香石蒜屬染色體基數(shù)是X=11，具有2n=22=22t棒狀染色體的植物均是原始類群，而具有二型性染色體的種都是由2n=22t染色體的祖先相繼通過Robertson易位中的著絲點融合形成M型染色體衍生而來。2條染色體通過著絲點融合合并成1條染色體，或1條染色體的著絲粒分裂形成2條染色體的過程，統(tǒng)稱為Robertson Change 。二是斷裂理論(Fission Theory)，認為石蒜屬祖先種的染色體組應為2n=12M，全部為大而具中部著絲粒的染色體，屬的染色體基數(shù)是x=6，在以后的進化中，通過Robertson易位中的著絲點斷裂，形成t或T型染色體，而衍生出具二型性染色體的種。

目前石蒜屬中發(fā)現(xiàn)的多倍體有很多，如L．sprengeri(2n=33)、L．radiata(2n=33)和L．sanguinea(2n=32)是典型的三倍體，染色體均為t或T型。根據(jù)融合理論，L．squamigera(2n=27)，L．caldwellii(2n=27)，L．incarnata(2n=30)和L．houdyshelii(2n=30)是三倍體(2n=33t)。關于石蒜屬植物三倍體的起源，目前有兩種主要假設：一是起源于一個二倍體未減數(shù)配子與另一個二倍體的正常配子結(jié)合而生，Inariyama曾證明石(2n=33)是一同源三倍體；二是起源于二倍體與四倍體的雜交，但至今未在石蒜屬中見到任何四倍體植株以及相關報道。石蒜屬核型分析的結(jié)果表明，雜交在石蒜屬中是一個非常普遍的現(xiàn)象，人們普遍認為雜交在石蒜屬物種形成中起關鍵作用。