幾乎所有的細(xì)菌中，除了染色體之外，細(xì)胞中還存在一些環(huán)狀的DNA分子，叫做質(zhì)粒（plasmid）。質(zhì)粒上常帶有一些特殊的基因，如抗生素的抗性基因。質(zhì)粒具有自己的復(fù)制起始區(qū)，能自主復(fù)制。有些小質(zhì)粒是使用細(xì)胞的酶來復(fù)制，而大型質(zhì)粒本身就帶有編碼復(fù)制酶的基因，這樣就可以依靠自己的復(fù)制酶來復(fù)制。另外一些質(zhì)粒它們可以整合到宿主的染色體中，和細(xì)菌染色體同步復(fù)制。

在細(xì)菌中有很多不同的質(zhì)粒，不同的細(xì)菌含有不同的質(zhì)粒。質(zhì)粒根據(jù)它們所帶有的基因以及賦于宿主細(xì)胞的特點可以分為五種不同的類型：

1、抗性質(zhì)粒：它們帶有抗性基因，可使宿主菌對某些抗菌素產(chǎn)生抗性，如對氨基芐青霉素，氯霉素等產(chǎn)生抗性。不同的細(xì)菌中也可含有相同的抗性質(zhì)粒，如RP4質(zhì)粒在假單胞菌屬和其它細(xì)菌中都存在。R質(zhì)粒還可以通過感染的形式在不同種的細(xì)菌中傳播。

2、致育因子：可以通過接合在供體和受體間傳遞遺傳物質(zhì)。F因子約有1/3的DNA構(gòu)成一個轉(zhuǎn)移DNA的操縱子，約35個基因，負(fù)責(zé)合成和裝配性傘毛。這就是DNA轉(zhuǎn)移區(qū)域，受traJ基因產(chǎn)物的正調(diào)節(jié)。它還具有重組區(qū)和復(fù)制區(qū)。重組區(qū)含有多個插入順序，通過這些插入順序進行同源重組。在復(fù)制區(qū)有兩個復(fù)制起始點：一個是OriV，供給F因子在宿主中自主復(fù)制時使用；另一個是OriT，供接合時進行滾環(huán)復(fù)制的起始點。

3、Col質(zhì)粒：帶有編碼大腸桿菌素的基因。大腸桿菌素可殺死其它細(xì)菌醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

4、降解質(zhì)粒：這種質(zhì)粒編碼一種特殊蛋白，可使宿主菌代謝特殊的分子，如甲苯或水楊酸。

5、侵入性質(zhì)粒：這些質(zhì)粒使宿主菌具有致病的能力。如Ti質(zhì)粒，此是在根癌農(nóng)桿菌中發(fā)現(xiàn)的，現(xiàn)經(jīng)過加工用來作植物轉(zhuǎn)基因的一種常用載體。

質(zhì)粒的大小很不相同，最小的約長1Kb，而最大的可達(dá)250Kb.質(zhì)粒在細(xì)胞中的拷貝數(shù)也不盡相同。有的拷貝數(shù)很少，只有一，二個拷貝，稱為嚴(yán)緊型（stringent）質(zhì)粒，另一些具有較高的拷貝數(shù)，約有10個以上，稱為松弛型（relaxed）質(zhì)粒。有些質(zhì)粒不能共存于一個細(xì)菌的細(xì)胞，這種特征稱為質(zhì)粒的不相容性。共存于同一種細(xì)菌中的質(zhì)粒必須屬于不同的不相容群。

在細(xì)菌的基因組中還存在著一些轉(zhuǎn)座因子，它們有著特殊的結(jié)構(gòu)，并可以在基因組中移動。