免疫功能低下為隱球菌發(fā)病的重要誘因。環(huán)境中的直徑小于10μm，像煙霧大小的隱球菌經(jīng)呼吸道吸入人體，一旦其沉積在呼吸道中，在較高的二氧化碳濃度的影響下，形成明顯的多糖莢膜保護(hù)層以拮抗宿主的防御機(jī)制。在肺組織內(nèi)形成最初的感染灶，可引起肺門淋巴結(jié)腫大，也可以在胸膜下形成小結(jié)節(jié)，酷似結(jié)核分枝桿菌感染。多數(shù)健康人感染可以自愈或病變局限于肺部。在免疫功能受損的病人，隱球菌能夠進(jìn)展活動，引起肺炎并經(jīng)血行播散至全身。由于新型隱球菌對腦膜和腦實(shí)質(zhì)有親和性，所以中樞神經(jīng)系統(tǒng)是最常見的受累部位，其他少見的受侵部位有皮膚、骨骼、前列腺、肝、心、眼等。

特征為輕微的炎癥反應(yīng)。早期組織內(nèi)有大量隱球菌成膠樣團(tuán)塊，中性粒細(xì)胞減少醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)|搜集整理、不化膿，僅有少數(shù)淋巴細(xì)胞和組織細(xì)胞浸潤。晚期病變?yōu)槿庋磕[，肺部病變偶有干酪樣壞死和空洞形成。隱球菌可在腦部冠狀切面的灰質(zhì)部分產(chǎn)生病變，?？梢鹉X膜腦炎。