水環(huán)境包括江、河、湖泊等淡水環(huán)境以及海洋等咸水環(huán)境。水中溶解或懸浮著多種無機或有機物質，可供給微生物生長繁殖所需要的營養(yǎng)。因此，水環(huán)境是微生物除突然外棲息的第二天然場所醫(yī)學教`育網(wǎng)搜集整理。

　　城市的生活污水以及工業(yè)廢水，有機物含量高，種類復雜，其中的微生物多數(shù)為腐生型細菌和原生動物，能夠在天然水體的自凈和污水處理中發(fā)揮作用。海水中的微生物多為嗜鹽菌，有些細菌能發(fā)光，對一些化學藥劑與毒物敏感，可用于環(huán)境污染物的監(jiān)測。