關(guān)于命門的部位從部位言，有右腎與兩腎及兩腎之間的區(qū)別。

　　（1）右腎為命門說：《難經(jīng)》首先提出右腎為命門說。自《難經(jīng)》之后，晉代王叔和、明代李梃等人均認(rèn)為右腎為命門。其中，李梃《醫(yī)學(xué)入門·命門賦》對命門的部位和生理功能論述得較為詳盡：“命門下寄腎右，而絲系曲透膀胱之間，上為心包，隔膜橫連脂漫之外，配左腎以藏真精，男女陰陽攸分，相君火以系元氣，疾病生死是賴。”

　　（2）兩腎總號為命門說：元代滑壽首倡此說，認(rèn)為“命門，其氣與腎通，是腎之兩者，其實一耳。”明代虞摶明確提出“兩腎總號為命門”，其在《醫(yī)學(xué)正傳·醫(yī)學(xué)或問》中說：“夫兩腎固為真原之根本，性命之所關(guān)，雖有水臟，而實有相火寓乎其中，像水中之龍火，因其動而發(fā)也。寓意當(dāng)以兩腎總號為命門，其命門穴正像門中之杖闑，司開闔之象也。”醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理虞氏否定了左為腎右為命門之說，認(rèn)為“若獨指乎右腎為相火，以三焦之配，尚恐立言之未精也。”張介賓《類經(jīng)附翼·求正錄。三焦包絡(luò)命門辨》也說：“是命門總乎兩腎，而兩腎皆屬命門。”

　　（3）兩腎之間為命門說：此說首推明代趙獻可。他在《素問·靈蘭秘典論》“主不明，則十二官危”的啟示下，認(rèn)為十二官之外，還有一個人身之主，即是命門。“命門即在兩腎各一寸五分之間，當(dāng)一身之中，《內(nèi)經(jīng)》曰‘七節(jié)之旁，中有小心’是也，名曰命門，是真君真主，乃一身之太極，無形可見，而兩腎之中，是其安宅也”（《醫(yī)貫·內(nèi)經(jīng)十二官論》）。趙氏之說對后世影響很大，清代醫(yī)家陳士鐸、陳修園、林珮琴等皆認(rèn)為命門部位在兩腎之間。