懷疑急性感染性心內(nèi)膜炎的患者應入院進一步診斷和治療。由于亞急性感染性心內(nèi)膜炎的初期表現(xiàn)常不明確，因此在作出診斷之前，感染可能已造成瓣膜的損害或擴散到其他部位。不治療的亞急性感染性心內(nèi)膜炎與急性感染性心內(nèi)膜炎一樣是致命的。

根據(jù)癥狀，尤其是癥狀發(fā)生在有易感傾向的個體時就可能懷疑存在感染性心內(nèi)膜炎。超聲心動圖檢查能發(fā)現(xiàn)贅生物和瓣膜損害。通過血液培養(yǎng)可以確定致病菌的種類。由于細菌是間歇性釋放入血，因此應在不同時間分次采血進行血液培養(yǎng)以獲得更高的診斷率。培養(yǎng)出來的細菌可用各種抗生素進行藥物敏感實驗以選擇最有效的藥物。

有時細菌不能被培養(yǎng)出來。因為某些特殊的細菌需要專門的培養(yǎng)技術；另外，可能病人已使用了抗生素，盡管這些抗生素沒有治愈感染，但能減少細菌的數(shù)量，降低培養(yǎng)的成功率。另外一個可能的原因是該患者并沒有罹患心內(nèi)膜炎，但患有癥狀與其相似的病癥，如心臟腫瘤等。