細菌對該類抗生素可呈自然的和獲得性耐藥，細菌對該類抗生素相互間存在部分或完全的交叉耐藥。耐藥性主要通過質(zhì)粒介導(dǎo)產(chǎn)生鈍化酶，使它們結(jié)構(gòu)中的游離羥基磷酸化或核苷化，使游離氨基乙酰化，從而失去抗菌活性，該類多種抗生素可被同一種酶鈍化，而同一種該類抗生素又可被多種酶鈍化。細菌細胞壁通透性的改變和胞內(nèi)轉(zhuǎn)運功能的異常，亦是產(chǎn)生耐藥的原因之一。另外，腸球菌屬細菌和結(jié)核桿菌的突變株對鏈霉素耐藥，是由于細菌對鏈霉素靶位蛋白的修飾作用，使鏈霉素不能與之結(jié)合而發(fā)生耐藥。