HCV大小為30～60mm，有包膜。HCV基因組為一單正鏈RNA，長度約9.5kb，由9個基因區(qū)組成，自5′端開始，依次為5′端非編碼區(qū)，核心衣殼白區(qū)（C區(qū)），包膜蛋白-1區(qū)（E1），包膜蛋白-2區(qū)/非結(jié)構(gòu)蛋白-1區(qū)（E2/NS1），NS2區(qū)，NS3區(qū)，NS4區(qū)，NS5區(qū)和3′端非編碼區(qū)。5′端非編碼區(qū)核苷酸保守性強，在各株病毒間很少變異，可用于診斷。其中E1，E2/NS1區(qū)易發(fā)生變異醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理，致包膜蛋白的抗原性變異而不被原有的抗包膜抗體所識別，病毒得以持續(xù)存在。這可能是HCV引起的丙型肝炎易發(fā)展為慢性肝炎的原因之一醫(yī)|學教育網(wǎng)搜集整理。

　　根據(jù)世界各地分離的HCV毒株，可將HCV分為6種基因型，我國以Ⅱ型為主。目前為Ⅱ型HCV復(fù)制產(chǎn)生的病毒量多，較難治療。

　　NS3，NS4及NS5區(qū)基因可分別表達蛋白質(zhì)，其中NS4表達的蛋白（C100-3）和NS3表達的C33c可作為抗原用于檢測患者血清。