武漢大學醫(yī)學部歷史時期：

2000年8月2日，學校與武漢大學、武漢水利電力大學、武漢測繪科技大學合并組建新的武漢大學，并成為新成立的武漢大學醫(yī)學部的主體。附屬第一醫(yī)院更名為武漢大學人民醫(yī)院，并繼續(xù)保留湖北省人民醫(yī)院名稱；附屬第二醫(yī)院更名為武漢大學中南醫(yī)院；附屬口腔醫(yī)院更名為武漢大學口腔醫(yī)院，并繼續(xù)保留湖北省口腔醫(yī)院名稱。

2001年1月，武漢大學推出學科重組方案，將原有的49個學院和直屬系，調(diào)整為28個學院，分屬于人文科學、社會科學、理學、工學部、信息科學和醫(yī)學6個學部。采取院系為實體、學部為虛體的管理模式。

2005年9月20日，為了促進學校在醫(yī)學領(lǐng)域的各個學院、研究所和附屬醫(yī)院之間的協(xié)調(diào)合作，推動學校在醫(yī)學領(lǐng)域的更快發(fā)展，武漢大學借鑒海內(nèi)外部分著名醫(yī)學名校經(jīng)驗，進一步加大對醫(yī)學領(lǐng)域的支持力度，將醫(yī)學部實體化，下轄8個學院和3個研究所，有3所附屬醫(yī)院。